Atatürk, 1936 yılı TBMM´nin açış konuşmasında, "... Fransızlar ile aramızda senelerdir sürüp giden davanın neticelenmesinin zamanı gelmiştir." diyerek, sancağın bulunduğu bölgeye Hatay ismini verdi. Bu davranışı ile Hatay Meselesine ciddi olarak el konduğunu ifade etmiş olan Atatürk, o sırada faaliyette olan Antakya-İskenderun Yurdu Cemiyeti´nin adını da Hatay Egemenlik Cemiyeti olarak değiştirdi. Bu cemiyetin merkezi İstanbul´da idi.
Atatürk’ün emri ile İçişleri Bakanı Şükrü Kaya Cemiyetin genel başkanı, Emniyet Genel Müdürü Şükrü Sökmen Süer genel sekreter olmuştur. Ayrıca Hatay bölgesi ile ilişkilerin rahatlıkla kurulabilmesi için Dörtyol şubesi faaliyet merkezi olarak tespit edilmiş, cemiyetin fahri genel başkanı olarak Tayfur Sökmen de Türkiye ile Hatay arasındaki ilişkileri düzenlemekle görevlendirilmişti.
Olayların hızlı bir gelişme içine girdiği bugünlerde, Fransız başbakanı Leon Blum´un, Suriye´ye bağımsızlık verileceği şeklinde beyanı, Hatay´ın Suriye´ye geçmeden anavatana katılması için yapılacak çalışmaların hızlandırılmasını gerekli kıldı. Bu sırada Türk nüfusun aleyhine gelişeceği sezilen, 14-15 Kasım 1936 genel seçimlerine Türkler katılmayarak seçimi boykot ettiler. 1937 yılı başında, Hatay´daki huzursuzluğu gündemine alarak görüşen Milletler Cemiyeti, "...her Hataylı dilediği cemaat listesine yazılmak ve rey vermek hakkına sahiptir" maddesini içeren Türk tezini kabul etti ve yapılacak halk oylaması için Antakya´ya bir gözlemci heyeti gönderdi.
Heyetin halk oylaması konusunda olumlu bir kanı ile Cenevre´ye dönmesinden ve raporlarını 27 Ocak 1937´de Milletler Cemiyeti´ne vermelerinden sonra, İskenderun Sancağı için yeni bir statü ve anayasa taslağı hazırlanarak sancakta, Millet Meclisi seçimi yapılması kararı alındı. Türkiye adına Numan Menemencioğlu´nun katıldığı anayasa taslağı hazırlama komisyonu, Fransız, İngiliz, Belçikalı ve Hollandalı diplomatlardan oluşmaktaydı. Komisyon tarafından 15 Mayıs 1937´de tamamlanan tasarı Milletler Cemiyeti´nce 29 Mayıs 1937´de kabul edildi. Bu taslağa göre sancak, içişlerinde bağımsız, dışişleri, maliye, gümrük işlerinde Suriye´ye bağlı kalacaktı. Sancağın toprak bütünlüğü, Türkiye ve Fransa´nın garantörlüğü altındaydı.
Milletler Cemiyeti´nce kabul edilen tasarı esasları çerçevesinde Ekim 1937´de Antakya ve İskenderun´da Türk konsoloslukları açıldı. 15 Nisan 1938´de başlayan ve ileride yapılacak Millet Meclisi seçimine esas olacak sayım işleminde, adilane hareket edilmeyip, Türkler aleyhine bir tavır takınılması üzerine durum, Türkiye Cumhuriyeti´ne, Fransız Hükümetine ve Milletler Cemiyeti´ne duyuruldu
Bir süre sonra Fransız idaresindeki Suriye Devleti ile Hatay Devleti arasında bazı konularda yetki ve yönetim açısından baş gösteren anlaşmazlıklar giderek büyüdü. Manda yönetimi zamanından bu yana görev yapan bütün Fransız ve Suriyeliler, Türk yönetimince işten çıkarıldılar. Gerginleşen münasebetler üzerine Suriye Devleti´nin bir ara posta pulu vermemesi üzerine, Hatay Devleti, Türkiye Cumhuriyeti´nin pullarını kullanmaya başladı. Kısa bir süre sonra kendi pullarını çıkaran Hatay Devleti, Uluslararası Postalar Topluluğu´na üye oldu. Devletin parası Suriye parası idi. Vurgunculuğa mani olmak amacıyla gizlice toplanan meclisin bir gece içinde çıkardığı bir kanunla, Suriye parası yerine Türk lirasına geçildi. Türkiye Cumhuriyeti Merkez Bankası İskenderun´da bir şube açtı.
Bu sırada Hatay´ın Türkiye Cumhuriyeti ile olan sınırı kapalı idi. Suriye Devletiyle anayasa gereği bir sınırı bulunmamaktaydı. 20 Ekim 1938 gece yarısı Fransızlar, kendilerine çıkarılan güçlükleri bahane ederek, Suriye Devleti´nin Hatay Devleti ile var olmayan sınırını kapattılar ve Hatay Devleti ile olan ilişkiyi dondurdular. Amaçları, Türkiye ile sınırı kapalı olan Hatay Devleti´ni ekonomik açıdan güç duruma sokup kendi istekleri doğrultusunda hareket etmeye zorlamaktı. Bu olaya misilleme olmak üzere Hatay Devleti de Suriye ile yeni oluşan sınırını kapattı. Her iki taraftaki sınırın kapalı olmasının Hatay Devleti´nin ticaret ve ulaşım işlerini aksatacağı ihtimali karşısında, olaydan iki gün sonra Millet Meclisi´nde alınan bir kararla Türkiye Cumhuriyeti ile olan sınır açıldı.
Suriye hududunun Fransızlar tarafından kapatılması, öteden beri düşlenen, Hatay´ın anavatana katılması hedefi için pek olumlu bir ortam yaratmıştı. Fransızların bu durumu sezip özür dileyerek, Hatay Devleti ile olan sınırı tekrar açmalarına rağmen Hatay Devleti, Suriye Devleti ile olan sınırını açmadı. Bu gergin ilişkiler içinde, anavatana katılma arzusu ile dolu sekiz ay geçti.
Türkiye Cumhuriyeti´nde 1939 yılında yapılan milletvekili seçiminde, Hatay Devlet Başkanı Tayfur Sökmen Antalya´dan, Başbakan Abdurrahman Melek ise Antep´ten milletvekili seçilerek TBMM´ye girdiler. Bu olay Hatay´ın Anavatan´a katılması hedefinin bir diğer adımını oluşturmakta idi. Zaten Fransa da bu konuya son zamanlarda ılımlı bakmakta kamuoyunda ise bu çözümün bölgedeki istikrar ve her iki devletin geleceği için en uygun yol olacağı görüşü ağırlık kazanmakta idi.